En la prehistoria estas zonas estuvieron pobladas como lo atestiguan los restos de asentamientos prerromanos cercanos al pueblo. Prueba de ello lo es también el santuario rupestre de San Pelayo, lugar sagrado en épocas prehistóricas con interesantes marcas zoomorfas talladas en la roca así como cenotes y otros vestigios.
Almaraz estuvo poblado con anterioridad a la llegada de los romanos, posiblemente por el pueblo vacceo, al igual que otras zonas del valle del Duero. El paraje de El Castillo es uno de los posibles asentamientos, en el que se han encontrado utensilios y restos cerámicos de época prerromana y romana, por lo que pudo ser un castro romanizado.
Durante la dominación romana se debieron explotar ampliamente las diversas minas que se encuentran repartidas por su término municipal y de las que aún perduran diversos testimonios visibles y otros restos como monedas y cerámica. Los diversos restos encontrados atestiguan que el actual emplazamiento del pueblo coincide en buena medida con los asentamientos antiguos, previos a la reconquista, situados en diversos parajes como El Castillo, La Cadilla, El Tesoro, La Pedrera, Los Ochavos, Santa Cecilia y San Pelayo.
La primera mención escrita de Almaraz está registrada en 1 de octubre de 1175, cuando Pedro Pérez y Fernando Cídiz, dueños de los terrenos de Almaraz, y el rey Fernando II de León dan un fuero a los pobladores de Almaraz. Posteriormente, por decisión de Alfonso IX de León, Almaraz pasó a convertirse en un señorío eclesiástico dependiente del obispo de Zamora. Éste otorgó a inicios del siglo xiii nuevos fueros a la localidad, que continuó integrada en lo eclesiástico en la Diócesis de Zamora y en lo civil en el Reino de León.
En 1833, al crearse las actuales provincias, Almaraz fue encuadrado en la provincia de Zamora, dentro de la Región Leonesa, si bien esta última carecía de cualquier tipo de competencia u órgano común a las provincias que agrupaba, teniendo un mero carácter clasificatorio, sin pretensiones de operatividad administrativa. Tras la constitución de 1978, y la diversa normativa que la desarrolla, Almaraz pasó a formar parte en 1983 de la comunidad autónoma de Castilla y León, en tanto municipio adscrito a la provincia de Zamora.